La decisión de comenzar el tratamiento antiepiléptico con fenobarbital debe ser valorada para cada caso individual y depende del número, frecuencia, duración e intensidad de las convulsiones epilépticas del perro.

Las recomendaciones generales para iniciar la terapia incluyen una sola convulsión que ocurre más de una vez cada 4-6 semanas, crisis epilépticas repetidas (i.e. más de una convulsione en 24 horas) o status epilepticus independientemente de la frecuencia.

Las concentraciones séricas terapéuticas de fenobarbital deben ser comprobadas para poder utilizar la dosis efectiva más baja. Típicamente, las concentraciones de 15-40 µg/ml son efectivas para controlar la epilepsia.

Algunos perros no sufrirán convulsiones durante el tratamiento, otros solamente manifestarán una reducción de las crisis y, por último, otros no responderán al tratamiento.